洁净室的整厂规划，因涉及范围极广，需建筑、水电、空调、环保、防震、制造等各项专业人才共同规划，尽管不少洁净室规划，多需要就于既有的建筑物，然而，为避免失误应尽可能事先确认下列事项：
1. 洁净度等级；
2. 室压的平衡措施；
3. 温湿度要求；
4. 机器设备的必要性；
5. 确定生产流程；
6. 局部排气的必要性；
7. 日后扩充弹性；
8. 足够维护保养空间；
9. 空调送风方式；
10. 员工休息区的安排；
11. 设施与动力的配置；
12. 室内净高与楼板载重；
13. 设备空间与管道间；
14. 门窗宜少，气密性要佳；
15. 静电、振动及噪音；
16. 生产线与活动线少交接；
17. 公害、污染与防灾；
18. 安装及运转成本之衡量。